Schon vor der Erbauung der Porta Claudia errichteten die Scharnitzer zu Ehren "Unserer Lieben Frau" eine Kapelle aus Dankbarkeit für abgewandte Kriegsgefahr. Im Jahre 1650 erhielt diese Kapelle einen Altar, dessen Maria-Hilf-Bild ein Geschenk von Ferdinand Karl, dem Sohn der Erzherzogin Claudia, war. Von der kirchlichen Behörde wurde gleichzeitig die Erlaubnis erteilt, in dieser Kapelle Gottesdienst zu feiern. Die Seelsorge oblag den Augustinermönchen des Klosters Seefeld. 1705 wurde in der Festung eine eigene Kapelle zu Ehren des Hl. Josef gebaut und ein Kaplan angestellt. So wurde die Ortsseelsorge eingestellt, die Scharnitzer besuchten den Militärgottesdienst. Dies aber behagte den Einwohnern nicht lange. Die Gemeinde traf mit der Pfarre Mittenwald ein Übereinkommen, demzufolge ein Priester aus Mittenwald (gegen Entgelt von 160 Gulden) in der Dorfkapelle Gottesdienst zu halten hatte. 1786 wurde eine eigene Kaplanei errichtet. Als erster Priester wirkte der Kapuziner P. Pelagius Steinhauser. Er erbaute ein Pfarrhaus und mit Hilfe der Robot leistenden Bevölkerung auch eine neue Kirche, die 1792 eingeweiht wurde.

Während des Befreiungskampfes 1809 ging diese Kirche in Flammen auf. Der Ölberg-Christus blieb inmitten der Flammen unversehrt und nach Beendigung der Kirchenrenovierung an der vordersten, rechten Säule aufgestellt. Ein neues Gotteshaus im gotischen Stil entstand; ein